El muntanyam de l’Alta Garrotxa, trencat i aspre, i de valls profundes, es va formar a remolc de l’impuls del naixement del Pirineu. Les roques que hi predominen són les margues i els gresos, però sobretot les calcàries, que formen les cingleres que caracteritzen la seva fesomia. Al peu de la serra del Mont hi ha les guixeres de Segueró i Beuda, explotades des de l’antiguitat i de les quals se n’ha extret alabastre per a la talla d’imatges i retaules, entre ells la mateixa imatge de la Mare de Déu del Mont.

El Fluvià, al sud, i la Muga, al nord-est, recullen les aigües de les rieres d’aquestes muntanyes, part de les quals es filtren i formen rius subterranis que en reaparèixer donen lloc al conjunt d’estanys i estanyols de Banyoles i la seva rodalia. Com a fruit d'aquest fenomen existeixen a l'Alta Garrotxa un gran nombre de coves, algunes de les quals ja no tenen aquesta funcionalitat.

La diferència d’altitud entre el peu de la muntanya, a 350 m, i el cim, a 1124 m, i la diferent insolació entre el solell i l’obaga ens permeten gaudir d’una gran varietat de vegetació: des de l’alzinar de terra baixa entremesclat amb pinedes de pi blanc i de pinassa, a l’alzinar muntanyenc i les pinedes de pi rojalet a les parts altes, amb alguna rovira de roures martinencs i alguns arbres caducifolis esparsos, com la blada que a la tardor esquitxa el cim de la muntanya amb tonalitats vermellenques.