El Patronat d’avui, amb noms diferents, té una història de segles. El precedent més llunyà n’és la Confraria de Sant Joan Baptista que a partir del segle XVI va tenir cura del Santuari. Ja a l’època actual el precedent immediat n’és la comissió per a la reconstrucció del Santuari, creada el 1962 i que el 1969 el bisbe de Girona Mons. Narcís Jubany transformaria en patronat. Finalment el 1986 el bisbe de Girona Mons. Jaume Camprodon va establir l’actual patronat, que es regeix pels estatuts canònics aprovats el 1993.
Aquest patronat està format preferentment pels representants de les parròquies dels pobles de la rodalia del Santuari que cada any hi pugen en romeria, i s’encarrega de l’administració i la cura del Santuari, tant pel que fa a la dimensió pastoral, cultural i social, com als aspectes de manteniment i gestió de l’església, de l’hostatgeria i del seu entorn. Alhora és l’òrgan de relació del Santuari amb les parròquies i els municipis de les comarques veïnes, i amb les institucions públiques i privades. En definitiva, el patronat és la garantia del present i del futur del Santuari.

L’associació Amics del Mont té com a finalitat col·laborar amb el Patronat en el manteniment i divulgació de la devoció a la Mare de Déu del Mont, i ajudar igualment en les tasques de gestió del Santuari i de les activitats que s’hi porten a cap. Amb aquest propòsit un cop l’any es convoquen els associats per tal de recollir aportacions i suggerències i alhora donar compte de la gestió del Patronat.
El President, el Secretari i el Tresorer de l’associació són els mateixos del Patronat.
Qualsevol persona que hi estigui interessada pot formar-ne part. Cal tan sols fer-ne la inscripció i aportar la quantitat anual que hom vulgui.